Le développement de Rijeka a incité la population slave nouvellement arrivée, les Croates, à prendre Tarsatica et commencer à construire une nouvelle colonie. Les premières traces de la ville médiévale d’origine remontent à la première moitié du 13ème siècle, mais dans les sources historiques deux colonies apparaissent : TRSAT sur la colline du côté gauche de la Rječina, sur le site de la colonie liburne de TARSATA et RIJEKA, et sur la côte, à l’emplacement de la TARSATIKA romaine. Cette Rijeka est une ville fortifiée, compactée à l’intérieur des murs et munie de plusieurs tours défensives, et divisée en deux parties: la partie supérieure où se trouve un château médiéval et l’église de Saint-Guy (d’où le nom Flumen Sancti Viti), et la partie inférieure, un village paysan, de commerce et d’artisanat, que les habitants appellent du nom commun de Rika ou Rijeka. Au début et à la fin du 14ème siècle, Rijeka est une possession des seigneurs de Devín, des princes de Krk (de la Maison de Frankopan), puis devient une possession de la famille Walsee, et à partir de 1466, des Habsbourg. Rijeka possède alors environ 3.000 habitants. Une expansion économique considérable a commencé au 16ème siècle avec le commerce du fer, du pétrole, du bois, de la laine, du bétail et du cuir… Au 16ème siècle, une imprimerie est en activité, en alphabet croate, le glagolitique. À l’époque, sur la rive gauche de la Rječina, au-dessous du village de Trsat, n’existe aucune agglomération (Sušak), elle ne se formera qu’au 18ème siècle. L’âge d’or du commerce de Rijeka faiblit soudainement dans la seconde moitié du 15ème siècle. Les invasions turques fréquentes interrompent les voies de circulation, ainsi que les guerres des prétendants au trône hongrois et le conflit de longue durée des Uskok avec les Vénitiens. Un apaisement des événements de guerre commence dans la seconde moitié du 17ème siècle. L’arrivée des Jésuites à Rijeka, et la mise en place de leur lycée, améliorent de manière significative la vie éducative et culturelle et renforce le catholicisme au détriment de la langue croate et de l’alphabet glagolitique. Rijeka commence à acquérir un avantage important dans l’économie au 18ème siècle quand l’empereur Charles VI déclare Rijeka port libre, mais bientôt, la Hongrie renforcée qui fait partie de la monarchie des Habsbourg commence à lorgner sur Rijeka comme une sortie dans le monde. Au début du 18ème et du 19ème siècle, Rijeka est sous domination française, puis passe à nouveau sous domination autrichienne.